Durant une inspection de routine sur Atlantis, un groupe sous le commandement du docteur McKay lance une alerte et plusieurs décèdent d'une rupture d'anévrisme générée par des hallucinations. Pour le docteur cartésien, ces décès ne paraissent pas naturels et l'ordre est donné de mettre Atlantis sous quarantaine. Isolée, l'équipe de chercheurs de McKay découvrent un laboratoire en virologie des Anciens totalement dévasté. Défiant l'autorité du docteur Weir, Sheppard et Teyla partent en combinaison anti-contamination à la poursuite d'un échappé du groupe.